Le programme AKER prend exemple sur une méthode de sélection qui a fait ses preuves chez les bovins laitiers et se propose de l'appliquer à la sélection de la betterave sucrière.
L'évolution rapide des techniques de séquençage et de génotypage a soulevé de nouveaux défis dans le développement des méthodes de sélection pour les animaux d'élevage : le concept de sélection génomique a été introduit en 2001. Il propose de prédire simultanément tous les effets des régions marquées du génome puis de construire un index génomique en sommant les effets de chaque région et enfin de sélectionner les meilleurs animaux en se basant sur cet index. Les évaluations génomiques augmentent la précision des évaluations des individus et ont le potentiel d'augmenter rapidement le gain génétique des caractères d'intérêt. L'intérêt de ce type d'approche est particulièrement marqué lorsque l'information sur les individus est limitée (concernant les femelles ou les jeunes taureaux) et pour les caractères faiblement héritables difficiles à évaluer précisément par les méthodes classiques.
Gain de temps considérable dans les schémas de sélection
Jusqu'à 2009, le contrôle des géniteurs bovins de race Holstein se faisait uniquement sur l'évaluation de leurs descendances, c'est-à-dire seulement une fois que leurs premières filles avaient leur première lactation. La diffusion des nouveaux géniteurs ne se faisait donc pas avant l'âge de 5 ans et la précision de prédiction de la valeur des taureaux restait faible (0.75 pour le rendement lait) jusqu'à environ 8 ans (0.95 pour le rendement lait), avant qu'une grande quantité de données ne devienne disponible. Dorénavant, la sélection génomique permet grâce au génotypage des taureaux dès leur naissance, de diffuser les nouveaux géniteurs dès leur maturité sexuelle, soit 2 ans, avec des précisions de prédiction de l'ordre de 0.70 pour le rendement en lait. La recherche a démontré que, dans la plupart des situations, un groupe de 10 géniteurs sélectionnés par sélection génomique a la même moyenne de fiabilité que des taureaux élites.
De plus en plus de taureaux génomiques
Les producteurs laitiers ont donc maintenant le choix entre utiliser des jeunes géniteurs qui ont uniquement des informations génétiques ou des taureaux éprouvés pour lesquels les résultats de testage sur descendance sont disponibles. En 2012, 70 % des jeunes taureaux Holstein sur le marché sont issus de la sélection génomique alors que les 30 % restant proviennent de la sélection classique sur descendance. Les entreprises de sélection Holstein ont mis à la disposition des éleveurs des packs regroupant les meilleurs taureaux issus de la génomique et permettant d'augmenter la fiabilité génétique.
