Aurélie Evrard et Sébastien Guizard ont rejoint tous deux le Laboratoire de Génétique et de Biométrie (LGB) chez Florimond Desprez le 1er septembre 2016. Ils contribuent entre autres au programme AKER dans le domaine de la bio-informatique.

Aurélie Evrard : bienvenue dans le monde des OMICS

Elle fait le lien entre la biologie moléculaire et les OMICS, entendez tout ce qui se termine par OMIQUE en français : génomique, protéomique, transcriptomique, métabolomique (1)… tout ce qui a trait au haut débit, au big data. Aurélie Evrard a un cursus tout entier consacré à la biologie moléculaire : master à l’université Paris VII et thèse en génomique sur le stress salin chez le riz et chez Arabidopsis en Australie, un post-doc sur l’épigénétique du blé à l’INRA de Clermond-Ferrand et un autre à l’INRA de Rennes sur les pathogènes des crucifères. « Lors de mon séjour à Rennes, j’ai travaillé et collaboré avec l’INRIA sur un outil permettant de croiser les données des biologistes », ajoute Aurélie.

Arrivée chez Florimond Desprez, elle veut faire le lien entre le sélectionneur et les OMICS. Ce qui correspond précisément à l’objectif du Laboratoire de Génétique et de Biométrie dont elle fait partie. « Je souhaite assister les sélectionneurs, aller à leur rencontre », dit Aurélie en avouant, modestement, qu’elle a encore beaucoup de choses à découvrir sur la betterave.

Aurélie Evrard est responsable de l’équipe bio-informatique du LGB où elle encadre Daphné Verdelet (voir portrait) qui s’occupe de la gestion du cluster de calcul, en lien avec Dorothée Charruaud (voir portrait) à l’INRA de Versailles qui gère l’AIS (AKER Information System), ainsi que Sébastien Guizard (voir plus loin). Elle répartit les tâches au sein d’une équipe très complémentaire, et se penche en particulier sur l’interprétation des résultats.

« Le métier évolue vite », déclare Aurélie qui, de plus, intervient sur de nombreuses espèces. « Nous devons sans cesse nous tenir au courant grâce à la bibliographie, aux échanges au sein des réseaux de bio-informatique, aux congrès scientifiques, aux tests de logiciels… » Avec autant de tests et de logiciels différents que d’espèces chez Florimond Desprez : céréales, betterave et pomme de terre.

Concernant AKER en particulier, Aurélie Evrard observe avec un œil neuf que c’est un énorme programme, intéressant, qui concentre toutes les disciplines et dont « on va obtenir de bonnes choses ». Elle précise : « On a ouvert le livre, on va maintenant cibler les pages ». Aurélie sait qu’il y a encore beaucoup de travail à faire sur les OMICS de la betterave, pour le programme AKER et au-delà.

Sébastien Guizard : mission de service bio-informatique

Il a gravi tous les échelons : BTS, licence, master, thèse… dans les domaines de la biologie et de la bio-informatique. Cette double compétence lui a permis d’être embauché, « pour une première vraie expérience professionnelle », au sein du Laboratoire de Génétique et de Biométrie chez Florimond Desprez. Sébastien Guizard y exerce une mission de service pour, dit-il, « améliorer la qualité des résultats et soutenir les sélectionneurs en automatisant certaines tâches quotidiennes ».

Par exemple, il a complètement automatisé et amélioré la suite logicielle d’analyse des puces ADN pour produire les résultats plus rapidement, mais aussi déterminer les paramètres optimaux pour obtenir les meilleurs résultats possibles. En clair, les sélectionneurs tels que Karine Henry, responsable scientifique du programme AKER, pourront facilement « toiletter les données, peaufiner les résultats ». Autre exemple : pour masquer la complexité des chaînes de programmes d’analyse des données et les rendre simple d’utilisation, il les intègre, en coopération avec Daphné Verdelet, au serveur Galaxy de Florimond Desprez.

« En arrivant chez Florimond Desprez, j’ai été frappé par l’ambiance agréable, et je suis impressionné par le niveau de connaissance des collaborateurs », poursuit Sébastien. Quant à AKER, il voit bien lui aussi qu’il s’agit d’un projet très ambitieux par les moyens mis en œuvre, il est content d’apporter sa pierre à l’édifice et il sait qu’il a encore beaucoup de choses à apprendre.

(1)

Génomique : étude des données du génome

Transcriptomique : étude de l’expression des gènes

Protéomique : étude des protéines, des peptides

Métabolomique : étude des métabolites