« Trait d'union entre biologie et informatique »
Ingénieur de recherche en bioinformatique, Daphné Verdelet a travaillé durant 6 ans au laboratoire URGI de l'INRA de Versailles, avant de rejoindre Florimond Desprez il y a trois ans dans le cadre du programme AKER.
Daphné fait partie du Laboratoire de Génétique et de Biométrie, et travaille essentiellement en binôme avec sa collègue Dorothée Charruaud, de l'URGI, au sein du WP 6 du programme AKER. Elle intervient, entres autres, par analyse bioinformatique, sur la détection des variations dans le code génétique du matériel d'étude.
Sélectionner les marqueurs
« Mais toutes ces variations ne peuvent pas devenir des marqueurs moléculaires utilisables », poursuit-elle. Un important travail de bioinformatique a été effectué pour identifier les SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) qui pourraient devenir des marqueurs moléculaires potentiellement intéressants. Une chaîne de traitement par différents logiciels a été mise en place dans un environnement approprié (Galaxy). « Au final, environ 200 000 SNPs parmi les 40 millions de variations ont franchi toutes les étapes de sélection ».
Daphné aime manier les images pour faire comprendre son métier. Par exemple, « les génomes de deux betteraves différentes sont deux copies du même livre dans lesquelles se trouverait un peu partout de petites erreurs typographiques : mots en plus ou en moins, fautes d'orthographe... Ces différences sont repérées par des logiciels de comparaison de texte (logiciels bioinformatiques) et peuvent être utilisés comme des étiquettes spécifiques de chacune des copies du livre (les marqueurs moléculaires) ».
Une ontologie pour la betterave
Par ailleurs, elle a mis en place une ontologie pour la betterave. Elle explique : « Une ontologie est à la fois un vocabulaire universel et une information structurée qui permet de mieux partager des données acquises par différents chercheurs ». C'est en même temps un dictionnaire, un lexique, une arborescence, une carte des relations entre les termes qui fonctionne avec une logique en cascade. Cette ontologie de la betterave est destinée à être appliquée sur les données de phénotypage générées dans AKER.
Enfin, Daphné est passionnée par le « Big Data ». Cette notion recouvre une combinaison de progrès technologiques en lien avec la massification des données et d'innovations d'usage de ces données. « Cependant, prévient-elle, la montée en puissance du Big Data n'est pas uniquement une histoire de technologie. Les évolutions culturelles vis-à-vis de la génération et du partage d'informations sont des éléments clés de l'augmentation de la richesse et du volume des données ». Elle fait le lien entre biologie et informatique.
