Prune Pegot-Espagnet prépare une thèse de doctorat sur le projet SELKIT - kit de sélection génomique – complémentaire du programme AKER. L’objectif est d’accroître la diversité génétique utile au sein du matériel de sélection avec des ressources génétiques exotiques.

Prune Pegot Espagnet

Fraîchement diplômée de l’université Paul Sabatier, à Toulouse, une licence de microbiologie et un master de bioinformatique en poche, Prune Pegot-Espagnet se retrouve en 2015 en stage à l’INRA de Toulouse auprès de Brigitte Mangin au LIPM (Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes). Elle en vient à travailler sur le blé dans le cadre d’un projet FSOV (Fonds de Soutien à l'Obtention Végétale) avec Ellen Goudemand, directrice du LGB (laboratoire de Génétique et de Biométrie) chez Florimond Desprez, puis sur un autre PIA (Programme d’Investissements d’Avenir) qui concerne le tournesol : SUNRISE. La voie de Prune est toute tracée : PIA + betterave = AKER.

Depuis avril 2017 et jusqu’en 2020, Prune Pegot-Espagnet est doctorante dans le cadre du programme AKER. « Je travaille sur le projet SELKIT, kit de sélection génomique », explique Prune. A noter que le nom approchant (Selkis, Selqit, Serket ou Selket) est celui de la déesse scorpion dans la mythologie de l'Egypte ancienne, clin d’œil à AKER, étant lui-même un dieu égyptien. Plus sérieusement, Prune poursuit : « Il s’agit d’accroître la diversité génétique utile au sein du matériel de sélection avec des ressources génétiques exotiques intéressantes ». Les attendus sont de deux ordres : tout d’abord, prédire, sans voir au champ, un caractère (rendement en sucre, impuretés, etc.) en fonction des informations génomiques : c’est le but de la sélection génomique ; ensuite, simuler des schémas de croisement. Le tout pour guider la conception des schémas de sélection, comportant du matériel élite et des ressources exotiques.

Architecture génétique

« Au départ, je travaille sur l’architecture génétique du caractère », explique Prune. « Je recherche les régions génomiques qui sont en lien avec ce caractère, pour ensuite simuler les caractères in silico (par l’outil informatique) grâce à un simulateur, puis enfin simuler les croisements pour voir lesquels seraient les plus intéressants à réaliser ». Un suivi de thèse est programmé tous les trois mois avec Brigitte Mangin, Ellen Goudemand, Karine Henry et Bruno Desprez. « Les premiers résultats confirment une hypothèse de départ, à savoir qu’il y a un intérêt lié au rendement sur une population exotique déterminée », explique Ellen Goudemand. « La démarche de recherche de variétés exotiques est très intéressante, poursuit Prune, et courageuse à mettre en place. AKER est un programme nécessaire pour ‘sauver’ la betterave ».

Passionnée par la génétique et la bioinformatique, Prune Pegot-Espagnet va retourner sur les bancs de l’université Paul Sabatier… cette fois pour y donner des cours de bioanalyse. Rendez-vous en 2020 pour la soutenance de sa thèse.