Le budget total du programme AKER s'élève à 18,5 M€ (y compris des aides de l'Etat pour 5 M€). 94,6 % de ce budget sont consacrés à la recherche et au développement, 3,7 % au pilotage et 1,7 % à la diffusion. La répartition du budget par partenaire et par activité montre le haut niveau d'implication de la société Florimond Desprez dans le programme (58 % du budget total), l'effort financier exceptionnel de la filière betterave sucrière (SNFS et CGB) via l'implication de l'ITB (16 % du budget total) et la participation significative des laboratoires publics et des instituts dont l'INRA, le GEVES et l'ITAP (ex CEMAGREF) (26 % du budget total).

Le programme AKER mobilise un total de 1 765 mois équivalent temps plein chercheurs, soit 80 chercheurs, dont 1 019 permanents et 746 occasionnels. La répartition des ressources à travers les différentes activités met en avant l'importance du phénotypage dans le programme. Ainsi, plus de 62 % des ressources sont dédiées à cette action, le reste étant attribué pour 36,5 % dans les autres activités, 0,8 % dans la diffusion et 0,4 % dans le pilotage du programme.